Voir les titres Ne plus voir les titres
- Ce que le projet ferait basculer au 1er octobre
- Les pathologies visées et le volume qu’elles pèsent
- Trois régimes d’indemnisation à ne pas confondre
- Un dossier recalé au Parlement, relancé par décret
- Ce que la coupure déclenche sur la paie
- La prévoyance collective en première ligne
- Une séquence de resserrement qui court jusqu’en 2027
Une ligne du Code de la sécurité sociale décide de la durée pendant laquelle un salarié durablement malade perçoit des indemnités journalières. Les affections de longue durée dites « non exonérantes » ouvrent droit à un compteur de 1 095 jours, soit trois ans de date à date, là où un arrêt de droit commun s’arrête à 360 indemnités journalières sur la même période. Ces affections ne donnent pas droit aux soins pris en charge à 100 %, mais elles allongent la fenêtre d’indemnisation.
Un projet de décret, dont Les Échos et AEF info ont eu connaissance, ramènerait cette fenêtre à un an au 1er octobre 2026. Le texte n’est pas publié au Journal officiel, et c’est ce qui rend la période inconfortable : la date annoncée tombe dans deux semaines alors que la portée exacte du décret reste inconnue. Qu’est-ce qui change pour une entreprise dont un salarié est arrêté depuis plus d’un an ?
Ce que le projet ferait basculer au 1er octobre
Le mécanisme visé est ancien. L’article L. 323-1 du Code de la sécurité sociale distingue les affections relevant de la procédure de l’article L. 324-1, qui ouvrent une fenêtre étendue, et toutes les autres. Le texte ne supprime pas ce régime dérogatoire, il en divise la durée par trois.
Une précision commande le reste : il s’agit d’un projet, pas d’une disposition publiée. Le droit en vigueur prévoit toujours trois ans, et aucune caisse ne peut couper un versement sur ce fondement tant que le décret n’est pas paru. Trois inconnues décideront de l’impact réel : le champ exact du texte, ses dispositions transitoires, son articulation avec les droits déjà ouverts.
Les pathologies visées et le volume qu’elles pèsent
La Caisse nationale de l’Assurance maladie a documenté ce régime dans son rapport Charges et produits 2026. Deux familles de pathologies concentrent les deux tiers des situations, et elles correspondent à ce que les entreprises voient monter dans leurs tableaux d’absence.
- la dépression légère, soit 33 % des situations d’ALD non exonérante ;
- les troubles musculosquelettiques, 32 % des situations ;
- 3,17 milliards d’euros d’indemnités journalières versées en 2023 à ce titre, pour 401 000 arrêts ;
- une progression des dépenses de plus de 6,4 % par an, contre 0,9 % pour les ALD exonérantes.
Ces deux derniers chiffres expliquent l’insistance de l’exécutif. Ces dépenses progressent sept fois plus vite que celles des ALD classiques, sur une assiette qui dépasse trois milliards d’euros. La cible n’est pas la maladie grave et longue, mais les arrêts qui s’installent sans relever d’une affection exonérante.
Trois régimes d’indemnisation à ne pas confondre
Trois plafonds coexistent et se confondent vite dans les échanges avec un salarié. Le tableau distingue la durée maximale d’indemnisation propre à chaque situation et la date à laquelle elle produit ses effets.
| Situation | Durée maximale d’indemnisation | Date d’effet |
|---|---|---|
| Arrêt maladie de droit commun | 360 indemnités journalières sur trois ans | Règle en vigueur |
| ALD non exonérante | 1 095 jours aujourd’hui, un an dans le projet | 1er octobre 2026 annoncé |
| Accident du travail ou maladie professionnelle | Quatre ans par sinistre | Sinistres à compter du 1er janvier 2027 |
Le décret n° 2026-501 du 12 juin 2026 a fixé à quatre ans par sinistre le versement des indemnités après un accident du travail. Le même mouvement touche aussi leur montant, avec le plafond appliqué aux indemnités journalières AT/MP à compter du 1er novembre.
Un dossier recalé au Parlement, relancé par décret
Le sujet n’arrive pas par surprise. Le projet de loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 comportait un article 29 qui basculait les assurés en ALD non exonérante dans le droit commun. Cet article a été supprimé pendant l’examen parlementaire et ne figure pas dans la loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025.
L’objectif affiché mêlait alors deux registres, la dépense publique et le maintien dans l’emploi. C’est cette double justification qui ressort aujourd’hui, avec un véhicule juridique différent.
Mieux maîtriser la durée des indemnités journalières, dans un objectif de maîtrise des dépenses publiques mais aussi de prévention de la désinsertion professionnelle
Le Gouvernement, exposé de l’article 29 du projet de loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, propos rapportés par Egora le 9 septembre 2026
Passer par le décret plutôt que par la loi n’est pas un détail. La voie réglementaire évite le débat parlementaire qui avait fait tomber la mesure, au prix d’une exposition accrue au juge administratif. L’article 81 de la loi de financement pour 2026 sert déjà de base à plusieurs plafonds fixés par décret.
Ce que la coupure déclenche sur la paie
La fin des indemnités journalières n’est pas un événement neutre pour l’employeur. Le maintien de salaire légal se calcule sous déduction des indemnités de la Sécurité sociale : 90 % de la rémunération brute pendant 30 jours, puis 66,66 % pendant 30 jours, à partir d’un an d’ancienneté et après 7 jours de carence.
Ces durées gagnent 10 jours par tranche de cinq ans d’ancienneté, dans la limite de 90 jours à chaque taux. Un salarié arrêté depuis plus d’un an a épuisé ce maintien légal depuis longtemps. Le sujet se déplace vers les conventions collectives, dont beaucoup garantissent un salaire net et prévoient une indemnité différentielle assise sur les sommes réellement perçues.
La rédaction de ces clauses devient déterminante. Une convention qui garantit un pourcentage de rémunération sous déduction des indemnités perçues expose l’employeur dès que ces indemnités tombent à zéro : le complément dû gonfle alors mécaniquement, sans qu’aucune décision de gestion n’ait été prise. Les entreprises qui pratiquent la subrogation le verront les premières, leur avance de trésorerie devenant une charge définitive.
La prévoyance collective en première ligne
Les contrats de prévoyance prennent le relais après une franchise qui tourne le plus souvent autour de 90 jours, et couvrent l’incapacité temporaire jusqu’au passage en invalidité. Beaucoup conditionnent leur versement au service des indemnités journalières, formulation banale qui devient un piège si la caisse s’arrête au bout de douze mois.
Le point mérite d’être posé à l’assureur avant l’échéance, dossiers en main. Un salarié privé d’indemnités sans relais de la prévoyance se retrouve sans revenu, et ces situations se terminent rarement sans contentieux. Les mêmes échanges gagnent à couvrir les cas où la visite de reprise s’impose, puisque la sortie d’un arrêt long passe par elle.
Une séquence de resserrement qui court jusqu’en 2027
La mesure ne vient pas seule. Depuis le 1er septembre 2026, le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 plafonne les prescriptions à 31 jours en première intention et 62 jours en prolongation, sauf justification médicale. Trois textes en dix-huit mois redessinent la durée des arrêts, leur montant et leur financement.
La question n’est plus de savoir si le cadre bouge, mais à quelle vitesse les outils de gestion suivent. Les tableaux d’absence bâtis sur un horizon de trois ans deviennent faux, et les provisions avec eux. Une revue des dossiers d’arrêt dépassant douze mois donne en quelques heures la mesure de l’exposition.
Une dimension échappe à ces chiffres. Un tiers des situations visées relève de la dépression légère, un autre tiers des troubles musculosquelettiques : deux familles dont la prévention se joue dans l’organisation du travail, pas dans les règles d’indemnisation. Le durcissement de la fenêtre déplace le coût sans traiter ce qui alimente ces arrêts, et l’arbitrage se posera vite entre ce qu’un employeur peut proposer à un salarié en arrêt et ce que le maintien durable dans l’emploi exige.
