Congé de naissance : comment l’employeur le déclare et gère la mutuelle depuis le 1er novembre

Depuis le 1er novembre 2026, l’employeur qui voit un salarié partir en congé supplémentaire de naissance ne remplit plus le tableur provisoire de l’Assurance maladie. Un formulaire en ligne sur ameli.fr le remplace, et il devient obligatoire pour chaque période de congé. Dans le même temps, un rectificatif publié au Journal officiel le 20 octobre a clarifié une question qui inquiétait les services de paie : le sort de la mutuelle pendant l’absence.

Créé par la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, ce congé permet à chaque parent salarié de s’arrêter un ou deux mois de plus après le congé de maternité, de paternité ou d’adoption. Pour l’entreprise, c’est un nouvel événement de paie à déclarer en quelques jours, avec deux circuits à tenir en parallèle. Comment remplir ces obligations sans retarder l’indemnisation du salarié ni payer une cotisation qui n’est pas due ?

Qui peut prendre le congé supplémentaire de naissance ?

Tout salarié parent d’un enfant né ou adopté depuis le 1er janvier 2026 y a droit, pour un ou deux mois, fractionnables en deux périodes d’un mois. Le congé se prend dans les neuf mois qui suivent la naissance ou l’arrivée de l’enfant, et chacun des deux parents peut en bénéficier, en même temps ou en alternance.

Le salarié prévient son employeur au moins un mois avant le départ, par lettre recommandée avec avis de réception ou remise contre récépissé, ou quinze jours avant si le congé suit directement un congé de paternité ou d’adoption. Il indique la date de début, la durée choisie et le fractionnement éventuel. Selon la fiche employeur publiée sur le portail Entreprendre de l’administration, l’employeur ne peut ni refuser le congé ni en exiger le report.

Le contrat de travail est suspendu, mais la durée du congé compte comme du temps de travail effectif pour l’ancienneté, en application des articles L. 1225-46-2 à L. 1225-46-7 du code du travail. Une fois la demande reçue, la mécanique déclarative démarre.

Ce que contient le nouveau formulaire de l’Assurance maladie

Le générateur mis en ligne sur ameli.fr remplace le fichier Excel utilisé depuis le 1er juillet. Il se compose de quatre rubriques :

• l’employeur, avec sa raison sociale, son numéro SIRET, un contact et un téléphone ;
• le salarié, identifié par son numéro de Sécurité sociale et son nom ;
• l’enfant, avec son identité et sa date de naissance ou d’arrivée au foyer ;
• le congé, en une ou deux périodes, avec les dates demandées.

Des contrôles de cohérence intégrés doivent limiter les erreurs de saisie qui retardaient les paiements. Une fois rempli, le formulaire produit un PDF que l’employeur dépose sur son compte entreprise de net-entreprises.fr ou transmet par l’API de dépôt de pièces jointes.

Ce PDF ne suffit pas à lui seul : il accompagne une déclaration qui passe par la paie.

Dans quel délai l’employeur doit-il déclarer le congé de naissance ?

L’employeur dispose de cinq jours après le début de chaque période de congé pour effectuer deux démarches le même jour : le signalement en DSN, ou une attestation de salaire si ce signalement n’est pas disponible, et le dépôt du formulaire PDF sur le compte entreprise de net-entreprises.fr.

Un congé continu de deux mois appelle une seule déclaration couvrant toute la période. Un congé fractionné en exige une par période, chacune soumise au même délai, un oubli fréquent au second départ lorsque le logiciel de paie n’a pas été paramétré. Les périodes déclarées avant le 1er octobre ne demandent pas de nouveau signalement, sauf demande de la caisse.

L’enjeu du délai est concret. Au démarrage du dispositif, le passage de la déclaration en DSN au 1er octobre s’accompagnait d’un constat de la Caisse nationale de l’Assurance maladie : environ 110 000 demandes déposées depuis juillet, et un versement intervenant en moyenne onze jours après la période indemnisée quand le dossier est complet. Reste la question de la complémentaire santé.

L’employeur doit-il payer la mutuelle pendant le congé de naissance ?

Non, pas automatiquement : depuis le rectificatif paru au Journal officiel le 20 octobre 2026, la participation patronale n’est due que si l’entreprise maintient le salaire ou finance en partie des indemnités journalières complémentaires. À défaut, la contribution habituelle à la complémentaire santé n’est pas exigible pendant la suspension du contrat.

La première réponse du ministère, publiée le 29 septembre à une question écrite du député Pierrick Courbon, laissait entendre l’inverse. Le texte corrigé aligne la position ministérielle sur la doctrine du BOSS, le Bulletin officiel de la Sécurité sociale, comme l’a relevé l’institution de prévoyance Klesia dans une note du 22 octobre.

L’employeur ne peut être tenu de verser la contribution à la couverture complémentaire santé habituelle durant la période de suspension que s’il existe un maintien de salaire ou des indemnités journalières complémentaires financées au moins en partie par l’employeur.

Ministère du Travail et des Solidarités, réponse rectifiée à la question écrite n° 17917 de Pierrick Courbon, Journal officiel du 20 octobre 2026

L’absence d’obligation automatique ne signifie pas la disparition de la couverture du salarié. L’acte fondateur du régime, le contrat de l’assureur ou une convention collective plus favorable peuvent imposer le maintien de la participation, et c’est ce qu’il faut vérifier avant de modifier la paie.

Combien perçoit un salarié pendant le congé de naissance ?

Le salarié perçoit de l’Assurance maladie 70 % de son salaire net le premier mois et 60 % le second, dans la limite du plafond mensuel de la Sécurité sociale, fixé à 4 005 € en 2026. L’employeur ne verse rien, sauf s’il a choisi ou s’est engagé par accord à compléter cette indemnité.

Prenons une salariée payée 2 500 € net par mois qui prend deux mois consécutifs. Elle reçoit 1 750 € le premier mois et 1 500 € le second, soit 3 250 € au lieu de 5 000 € de salaire, un manque de 1 750 € sur la période. C’est ce différentiel qu’un employeur peut décider de combler, en connaissant désormais la conséquence sur la mutuelle.

Supposons une cotisation de complémentaire santé de 120 € par mois, prise en charge à moitié par l’entreprise. Sans maintien de salaire, les 60 € mensuels de part patronale ne sont pas dus pendant les deux mois, soit 120 €. Avec un complément de salaire, même partiel, ils redeviennent exigibles, sous réserve de règles plus favorables prévues par le régime.

Une politique de congé parental qui se joue dans la paie

Depuis l’ouverture du congé au 1er juillet, son circuit a changé trois fois : tableur transitoire, signalement en DSN en octobre, formulaire en ligne en novembre. Chaque bascule a déplacé la charge de la fiabilité vers les services RH et les gestionnaires de paie des petites entreprises.

Le choix de compléter ou non l’indemnité dépasse la technique déclarative. Dans un marché du travail tendu, un complément de salaire peut peser dans l’attractivité d’une entreprise auprès des jeunes parents, mais il entraîne désormais le maintien de la participation à la mutuelle. Les accords de branche et les négociations annuelles diront dans quelle mesure les employeurs choisissent d’aller au-delà du minimum légal.